Course 54664 (Molecular and Cellular Biochemistry) teaches basic methods of plant molecular biology, protein biochemistry and cell biology.
The course contents of the three practical weeks:
- Work with the plant model organism Arabidopsis thaliana by identification and characterization of a T-DNA insertion mutant: phenotyping of the mutant at organ level; sequence homology search to identify the gene affected by the T-DNA insertion; isolation of genomic DNA and PCR-based genotyping; isolation of mRNA and cDNA synthesis for comparative gene expression analysis by semi-quantitative RT-PCR. Subcellular co-localization of fluorescent fusion proteins using CLSM.
- Isolation of chromatin-associated proteins from plant tissue and recombinant protein expression in E. coli, as well as purification and characterisation of the isolated proteins. Analysis of molecular interactions between proteins and of proteins with DNA/RNA.
- Expression and purification of T7 RNA polymerase in E. coli followed by protein characterisation by SDS-PAGE and Western blot. Assessment of enzymatic activity by in vitro transcription and RNA purification, including transcript analysis by gel electrophoresis.
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Im Rahmen des dreiwöchigen Kurses 54664 (Molecular and Cellular Biochemistry) werden grundlegende Methoden der pflanzlichen Molekularbiologie, Proteinbiochemie und Zellbiologie vermittelt.
Die Kursinhalte der drei Wochen:
- Arbeiten mit dem pflanzlichen Modellorganismus Arabidopsis thaliana durch Identifizierung und Charakterisierung einer T-DNA-Insertionsmutante: Phänotypisierung der homozygoten Mutante auf Organebene; Sequenzhomologiesuche zur Identifizierung des von der T-DNA-Insertion betroffenen Gens; Isolierung genomischer DNA und PCR-basierte Genotypisierung; Isolierung von mRNA und cDNA Synthese zur vergleichenden Genexpressionsanalyse in Mutante und Wildtyp durch semi-quantitative RT-PCR. Subzelluläre Ko-Lokalisierung von fluoreszierenden Fusionsproteinen mittels CLSM.
- Isolierung von Chromatin-assoziierten Proteinen aus Pflanzengewebe und rekombinante Proteinexpression in E. coli, sowie Reinigung und Charakterisierung der isolierten Proteine. Analyse der molekularen Interaktionen zwischen Proteinen und von Proteinen mit DNA/RNA.
- Expression und Reinigung der T7-RNA-Polymerase in E. coli, gefolgt von einer Proteincharakterisierung durch SDS-PAGE und Western Blot. Bewertung der enzymatischen Aktivität durch In-vitro-Transkription und RNA-Reinigung, einschließlich Transkriptanalyse durch Gelelektrophorese.
