Course 54664 (Molecular and Cellular
Biochemistry)
teaches basic methods of plant molecular biology, protein biochemistry and cell
biology.
The
course contents of the three practical weeks:
- Work with the plant model organism Arabidopsis thaliana by identification and characterization of a T-DNA insertion mutant: phenotyping of the mutant at organ level; sequence homology search to identify the gene affected by the T-DNA insertion; isolation of genomic DNA and PCR-based genotyping; isolation of mRNA and cDNA synthesis for comparative gene expression analysis by semi-quantitative RT-PCR. Subcellular co-localization of fluorescent fusion proteins using CLSM.
- Isolation of chromatin-associated
proteins from plant tissue and recombinant protein expression in E. coli, as well as purification and
characterisation of the isolated proteins. Analysis of molecular interactions
between proteins and of proteins with DNA/RNA. - Expression and purification of T7 RNA
polymerase in E. coli followed by
protein characterisation by SDS-PAGE and Western blot. Assessment of enzymatic
activity by in vitro transcription and RNA purification, including transcript
analysis by gel electrophoresis.
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Im Rahmen des dreiwöchigen Kurses
54664 (Molecular and Cellular Biochemistry) werden grundlegende Methoden
der pflanzlichen Molekularbiologie, Proteinbiochemie und Zellbiologie
vermittelt.
Die Kursinhalte der drei Wochen:
- Arbeiten mit dem
pflanzlichen Modellorganismus Arabidopsis thaliana durch
Identifizierung und Charakterisierung einer T-DNA-Insertionsmutante:
Phänotypisierung der homozygoten Mutante auf Organebene;
Sequenzhomologiesuche zur Identifizierung des von der T-DNA-Insertion
betroffenen Gens; Isolierung genomischer DNA und PCR-basierte Genotypisierung; Isolierung von mRNA und cDNA Synthese zur vergleichenden Genexpressionsanalyse in Mutante und Wildtyp durch semi-quantitative RT-PCR. Subzelluläre Ko-Lokalisierung
von fluoreszierenden Fusionsproteinen mittels CLSM.
-
Isolierung von Chromatin-assoziierten Proteinen aus
Pflanzengewebe und rekombinante Proteinexpression in E. coli, sowie Reinigung und Charakterisierung der isolierten
Proteine. Analyse der molekularen Interaktionen zwischen Proteinen und von
Proteinen mit DNA/RNA. - Expression und Reinigung der T7-RNA-Polymerase in E. coli, gefolgt von einer
Proteincharakterisierung durch SDS-PAGE und Western Blot. Bewertung der
enzymatischen Aktivität durch In-vitro-Transkription und RNA-Reinigung,
einschließlich Transkriptanalyse durch Gelelektrophorese.
