Lehrveranstaltungen Computational Science

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Allgemeines

Dieser Kurs dient der aktiven Selbstorganisation der Nichtwissenschaftlichen Mitarbeiter:innen der Fakultät für Informatik und Data Science an der Universität Regensburg. 

Dieser Kurs dient der:
• Sammlungen sämtlicher Informationen, die für Nichtwissenschaftliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter wichtig sind.
• Organisation von Präsenztermine und Absprachen, in denen sämtliche
Anliegen des Nichtwissenschaftlichen Personals besprochen werden sollen.
• Definition aller Strukturen, Verfahren und Rollen, die für unsere Arbeit
notwendig sind

Der Kurs findet nur jedes zweite Wintersemester statt.

Alignment-Algorithmen für große Datensätze mit kurzen Sequenzen, Genexpressionsanlyse mit Sequenzdaten, Finden von Mutationen (resequencing), Genom-Annotation

Voraussetzungen: R, Linux Basiswissen, Genomik und Bioinformatik I

Modul: CS-B-Gen6

This seminar deals with metabolic analysis of cell culture and tissue samples (research field of metabolomics). The focus is placed on the interaction between mammalian host cells and pathogens. Participants will be introduced into the basics of sample preparation, sample analysis using chromatography (HPLC and GC) hyphenated to mass spectrometry (MS) as well as statistical data evaluation.

Learning content is taught both theoretically in a seminar and practically in the laboratory.

To reinforce covered topics, participants are asked to give a presentation during this seminar.

Der Kurs findet nur im Wintersemester statt.

Das Modul gliedert sich in eine Chemievorlesung und die Bioanalytik. In der Chemievorlesung werden die Grundlagen aus anorganischer, organischer und physikalischer Chemie vermittelt, die zum Verständnis der Bioanalytik in diesem Modul und der Biochemie im 5. Semester benötigt werden. Die Bioanalytik wird im Sommersemester angeboten.

Inhalte des Moduls CS-B-Gen9:

Nucleotide und Nucleinsäuren; Struktur der Nucleinsäuren; Nucleotidmetabolismus; DNA-Replikation, -Reparatur und Rekombination; Transkription und RNA-Prozessierung; Regulation der Transkription; Proteinbiosynthese (Translation); Regulation der Proteinbiosynthese.

Experimentelle Verfahren zur 3D Strukturbestimmung von Makromolekülen (NMR, X-ray, Elektronenmikroskpie), 3D-Strukturmodellierung von Makromolekülen, (Kraftfelder, Optimierungsverfahren), Dynamik von Makromolekülen, Analyse von intermolekularen Wechselwirkungen mit experimentellen und computergestützten Verfahren, Validierung von  3D-Einzelstrukturen und makromolekularen Komplexen.

Der Kurs findet nur im Sommersemester statt.

weitere Infos

Der Kurs findet im Sommersemester unter der Veranstaltungsnummer 56043 im Biopark I, 2. OG, Seminarraum statt. Im Modulkatalog finden Sie weitere Informationen unter CS-B-Gen3.

Kurs findet nur im Sommersemester statt.

2. Teil des Moduls CS-M-P6, Voraussetzung ist die Teilnahme im WS an Algorithmische Bioinformatik

Am Ende des Semesters erfolgt eine mündliche Prüfung 45 min. (10 LP)

Spezielle Themen sowohl der algorithmischen als auch der statistischen Bioinformatik.

Beginn jedes Wintersemester

Der Kurs findet nur im Wintersemester statt.

Programmierprojekte zur Sequenanalyse (Alignment, Multiples Alignment, Sequenzdatenbanksuche, Homologie-Modellierung, Phylogenie), zur Strukturanalyse (RNASekundärstruktur-Vorhersage, Proteinstruktur-Vorhersage, Threading, Mutationsanalyse) und zur Expressionsanalyse (Clustering, Class-Finding, Klassifikation, Netzwerkrekonstruktion)

Voraussetzung: Praktische Bioinformatik I (im Sommersemester)

Nur im Sommersemester

Programmierprojekte zur Sequenzanalyse (Alignment, Multiples Alignment, Sequenzdatenbanksuche, Homologie-Modellierung, Phylogenie), zur Strukturanalyse (RNA-Sekundärstruktur-Vorhersage, Proteinstruktur-Vorhersage, Threading, Mutationsanalyse) und zur Expressionsanalyse (Clustering, Class-Finding, Klassifikation, Netzwerkrekonstruktion)

Modulkatalog CS-B-Gen4

Veranstaltungen im VVZ:

57032 – Vorlesung Praktische Bioinformatik I

57033 – Praktische Bioinformatik I

Einwöchige Blockveranstaltung (Vorlesung/Übung)

Veranstaltungsort: 10.00 - 12.00 Uhr im Biopark I, 2. OG, Funktionelle Genomik

13.00 - 18.00 Uhr im CIP-Pool RWL im UG, Raum U01, rechts

RiGEL-Teilnehmer können sich für diesen Kurs 1,5 CP als Method Course anrechnen lassen.

Bitte melden Sie sich bis 30.08.2015 an bei ursula.baum@klinik.uni-regensburg.de

Mehr Informationen finden Sie unter

https//:genomics.uni-regensburg.de/site/spang-group/lectures-1/microarray-practical-1